Présentation
Une base de données de produits naturels
Pour le criblage de composés et d'autres applications dans la recherche sur les composés naturels
L’ identificateur de produits naturels Wiley (Bibliothèque AntiBase + ChemWindow®) est une base de données complète de produits naturels comprenant plus de 58 000 composés.
Initialement élaborée par le Dr. Hartmut Laatsch, cette base de données en constante évolution est un outil de criblage performant pour la métabolomique et la découverte de médicaments, lorsque des produits naturels et leur dérivés peuvent accélérer les traitements dans des domaines tels que l'oncologie, le diabète, les maladies et la recherche recherche antimicrobienne ou antifongique.
Elle peut être utilisée pour les flux de travail de criblage à haut débit (HTS) et de déréplication pour identifier rapidement les composés qui ont déjà été étudiés et circonscrire d’éventuels nouveaux composés produisant des effets antimicrobiens ou souhaités.
Cette bibliothèque de produits naturels peut également être utilisée dans plusieurs industries telles que l'agrolimentaire et les cosmétiques, l’agriculture, les pesticides, et d’autres applications pour lesquelles les produits naturels prévalents ou inclus dans des programmes universitaires ou de recherche.
Et parce que ces données scientifiques sont fournies par Wiley, vous savez qu'elles sont qualitatives !
Caractéristiques Principales:
- Champs de propriété riches en données : En plus de la structure chimique, d’autres métadonnées utiles ont été inclues pour chaque entrée :
- Propriétés des composés - formule moléculaire, masse, composition, classe, géolocalisation
- Données physico-chimiques - point de fusion, rotation optique
- Données spectroscopiques - IR, HRMS, spectres de masse, UV, plus des données RMN 13C prévues de haute qualité générées à l’aide de l’algorithme de prédiction de spectre RMN propriétaire de Wiley
- Références connexes - lien direct vers la littérature DOI, base de données sur le métabolisme humain
- Données soigneusement sélectionnées et vérifiées : Données recueillies à partir de la littérature primaire et secondaire ; puis soigneusement vérifiées et validées avec les principales références et sources fournies en tant que champ de données.
- Inclut maintenant le logiciel ChemWindow de Wiley pour l’exploration de données avancée.
- Recherche dans l’intégralité du recueil de données AntiBase en utilisant les fonctionnalités avancées d’exploration et de recherche de données de ChemWindow.
- Inclut également des outils perfectionnés pour la conception de structures, le reporting et la création de vos propres bases de données.
Nouveautés de la version 2023
- Plus de 5 000 nouveaux composés ajoutés pour élargir la couverture de la bibliothèque de composés naturels
- Identifiants de la base de données de métabolome (HMDB) désormais hyperliés
- Chaînes de caractères SMILES ajoutées
- Les synonymes apparaissent désormais dans des champs différents
Des données fiables provenant de sources dignes de confiance
Wiley fait autorité dans le domaine des données scientifiques. Nos bases de données reconnues sont traitées conformément aux protocoles rigoureux pour garantir leur plus grande qualité. Les procédures de qualification commencent dès l’acquisition des données et continuent durant tout le processus de développement des bases de données. Toute donnée obtenue de partenaires de confiance est soigneusement étudiée avant d'être incluse dans nos collections.
Spécifications des bases de données
- Composés de produits naturels : 58,849
- Structures chimiques : 56,000
- Données de classification des composés : 21,911
- Données sur la source/l'origine : 55,786/9,904
- Biological Activity Data: 32,147
- Literature References: 58,179
- Valeurs de la rotation optique (RO) : 15,658
- Données relatives au point de fusion : 6,965
- Références HMDB : 1,724
- MS : 8,310
- IR : 10,906
- H-RMN : 2,212
- C-RMN : 41,812
- UV: 16,613
Compatibilité
Pour connaître la compatibilité des instruments / logiciels, consultez sciencesolutions.wiley.com/compatibility
- L’identificateur de produits naturels de Wiley inclut et est compatible avec le logiciel KnowItAll ChemWindow Edition software.
- Il peut aussi être utilisé avec d’autres éditions du logiciel KnowItAll que vous utilisez.
Composés couverts
Inclut des composés provenant des sources biologiques suivantes :
- Algues
- Animaux
- Bactéries
- Cyanobactéries
- Dinoflagellés
- Champignons
- Lichens
- Myxobactéries
- Plantes
- Protozoaires
- Myxomycètes
- Levures
Cas d’utilisation tirés de la littérature
La bibliothèque Antibase de l’identificateur de produits naturels de Wiley a été référencées plus de 1 500 fois sur Google Scholar. Voici quelques-uns des nombreux exemples de la façon dont cette base de données est utilisée par les scientifiques pour différentes applications.
| Titre de l’article | Lien DOI | Table des matières | Domaine d’application |
| Découverte de l’actinomycine L, un nouveau membre du groupe d’antibiotiques actinomycines | https://doi.org/10.1038/s41598-022-06736-0 | Les streptomycètes produisent des produits naturels bioactifs, incluant une majorité d’antibiotiques produits naturellement. Deux nouveaux analogues de l’actinomycine produits par les streptomycètes sp. MBT27, actinomycines L1 et L2, ont été découverts. La déréplication a été réalisée par Reaxys, ChemSpider et AntiBase. Les caractéristiques de masse des produits naturels existants ont été annotées alors qu’une caractéristique de masse avec une valeur m/z de 1387.6706 [M + H]+ n’a pu être associée à aucun produit naturel précédemment rapporté. | Antibiotiques |
| Nouveaux métabolites provenant du champignon endophyte Cercophora samala associé avec Mitragyna inermis | https://doi.org/10.1177/1934578×211013220 | Mitragyna inermis est une espèce d’arbre de petite taille qui pousse en Afrique de l’Ouest utilisé en médecine traditionnelle pour traiter diverses affections. Deux nouveaux métabolites provenant de cette espèce d’arbre ont été isolés et leur structure a été élucidée en comparant leurs données spectroscopiques avec celles indiquées par AntiBase et les calculs DFT. | Métabolomique |
| Association des technologies de microfluidique à haut débit et FACS pour tirer parti du jeu des chiffres dans la découverte de produits naturels | https://doi.org/10.1111/1751-7915.13872 | Pour faciliter la découverte de produits naturels, une méthode de criblage a été développée à l’aide d’une combinaison des technologies de microfluidique de gouttes et de FACS (tri de cellules marquées par fluorescence). Cette méthode a été utilisée pour évaluer un échantillon environnemental microbien. Pour identifier les produits naturels, des recherches de formules moléculaires ont été effectuées en utilisant AntiBase. | Antimicrobiens |
| Criblage de métabolites biologiquement actifs avec des bacilles endosymbiotique isolées provenant d’arthropodes | https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2002.tb11475.x | Des bactéries endosymbiotiques du genre Bacillus ont été isolées à partir de différentes régions du tube digestif de plusieurs insectes et millipèdes. Les échantillons ont été criblés à la recherche de métabolites actifs, qui ont été isolés. L’élucidation structurale a été effectuée en combinant la NMR et HREI ou la spectrométrie de masse DCI. Leurs structures ont été identifiée avec l’aide d’AntiBase, NMR : Bibliothèque Aldrich et registre de spectres (MS : NIST, WILEY). | Métabolomique |
| Analyse complète du mycobolome Alternaria Mycobolome en utilisant la métabolomique basée sur la spectrométrie de masse | https://doi.org/10.1002/mnfr.201900558 | La spectrométrie de masse à résonance cyclotronique ionique (FTICR-MS) et la LC-MS/MS sont combinée pour les analyses non-ciblée et ciblée de métabolome de trois isolats A. alternata et un isolat A. solani. En raison de la résolution ultra-élevée du FTICR-MS, des formules moléculaires uniques sont attribuées au signaux m/z mesurés. Les formules moléculaires sont associées aux entrées des bases de données d’AntiBase et de la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. L’analyse non ciblée des extrait de champignons révèle des variations dans le second profil de métabolite de A. alternata et A. solani. Les différences dans la biosynthèse des dibenzo-α-pyrones, quinones pérylènes, tentoxines et acide tenuazonique des isolats de A. alternata et A. solani sont déterminées en appliquant la LC-MS/MS ciblée. | Métabolomique |
| Signalement des métabolites bioactives des Streptomyces sp. RK44 | https://doi.org/10.3390%2Fmolecules25030460 | Le profilage chimique de l’extrait RK44 en utilisant la spectrométrie de masse de type HR-ESIMS et le réseau moléculaire Global Natural Product Social (GNPS) (MN) [7] a mis en évidence un amas de métabolites à faible poids moléculaire avec une absorption UV de 250 NM caractéristique, suggérant qu’ils partagent un squelette chromophore commun. La déréplication sur base de données en utilisant AntiBase 2017 (WILEY) et d’autres bases de données en ligne (The Natural Products Atlas, ChemSpider) [8,9] a révélé que ces métabolites n’ont pas été décrites précédemment dans la littérature. [10,11]. | Métabolomique |
| Un antibiotique sélectif pour la maladie de Lyme | https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.09.011 | Un extrait de S. hygroscopicus a été divisé en 40 fractions en utilisant la chromatographie en phase liquide à haute performance (CLHP). Les fractions ont été testées pour l’inhibition de croissance de B. burgdorferi, ce qui a permis d’isoler un composé pur d’une masse moléculaire de 511 Da (Figure 1A). La structure a été élucidée en combinant la spectrométrie de masse (MS) et l’analyse NMR (Figures S1 et S2 ; Tableaux S1 et S2). De façon surprenante, une recherche sur la base de données AntiBase a révélé l’identité de ce composé comme étant l’hygromycine A, un antibiotique connu (Figure 1A). | Antibiotiques |
| Des extraits bruts de souches de Talaromyces (Ascomycota) affectant la résistance de l’abeille mellifère (Apis mellifera)à la paralysie chronique des abeilles (maladie noire) | https://doi.org/10.3390/v15020343 | Les virus contribuent largement au déclin des colonies d’abeilles mellifères. L’introduction de composés antiviraux naturels provenant de champignons au régime des abeilles mellifères pourrait limiter l’impact de ces virus. Sept souches du genre de champignon Talaromyces infectées par le virus de la paralysie chronique des abeilles (CBPV) ont été examinées. AntiBase 2017 et une base de données de référence interne ont été utilisées pour préciser la structure moléculaire et pour mettre en évidence des composés étudiés. Il a été découvert que trois extraits (provenant des souches B13, B18 et B30) atténuent les infections CBPV et augmentent les taux de survie des abeilles. | Métabolomique |
| L’ectrait Sargassum horneri (Turner) C. Agardh régule la neuroinflammation in vitro et in vivo | https://doi.org/10.3390/cimb44110367 | Les études suggèrent que S. horneri peut contribuer à prévenir l’ostéoporose et à réguler le cholestérol, la pression artérielle et l’hyperlipidémie et les cosmétiques et aliments contenant S. horneri sont reconnus comme ayant des effets anti-âge, anti-allergiques et blanchissants. Par conséquent, les effets anti-neuroinflammatoires de l’extrait S.horneri sur la microglie ont été étudiés. L’ingrédient actif de S. horneri a été confirmé en utilisant AntiBase, les données précédemment reportées et l’analyse LC-MS/MS. Il a été découvert que S. horneri provoque des effets anti-neuroinflammatoires en inhibant le phosphorylation de p38 MAPK er NF-κB et qu’il a inhibé l’activation des astrocytes et de la microglie dans le cerveau des souris ayant reçu du LPS. | Anti-inflammatoire |
| Espèces de champignon et multi-mycotoxines associées aux graines de sorgho après récolte (Sorghum bicolor (L.) Moench) in Éthopie orientale | https://doi.org/10.3390/toxins14070473 | Le sorgho est la principale culture vivrière de base dans les pays en développement, mais la quantité et la qualité des céréales de sorgho sont affectées par la contamination des champignons au champ et après la récolte. Des échantillons d’espèces de champignon et de multimycotoxines associées aux céréales de sorgho après la récolte ont été examinés. L’allocation des toxines à différentes espèces a été faite en utilisant AntiBase, les données précédemment rapportées et des recherches sur le profil métabolite de cultures pures du champignon toxigénique. L’étude a révélé que les grains de sorgho étaient fortement contaminés par la présence concomitante de plusieurs mycotoxines, d’où l’importance de former les agriculteurs à une meilleure gestion de la production de sorgho. | Mycotoxines |
Applications
Les applications incluent, sans s’y limiter :
- Pharma / Biotech
- Découverte de médicaments
- Métabolomique
- Agroalimentaire et cosmétique
- Agriculture
- Pesticides
- Recherche universitaire et enseignement
- R&D Antimicrobienne, Anticancer, Antifongique