Wiley-Identifikator für Naturprodukte – AntiBase Library + ChemWindow (Wiley Identifier of Natural Products – AntiBase Library + ChemWindow)

Technik: Screening-Datenbank

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Überblick

Eine Datenbank für Naturprodukte

Für das Screening von Verbindungen und andere Anwendungen für die Erforschung natürlicher Verbindungen

Der Wiley-Identifikator für Naturprodukte (AntiBase Library + ChemWindow®) ist eine umfassende Datenbank mit 58.000 Verbindungen.

Sie wurde ursprünglich von Dr. Hartmut Laatsch entwickelt und ist ein hochgradig effizientes Screening-Tool für Metabolomik und die Entwicklung von Wirkstoffen in Bereichen, in denen Naturprodukte und ihre Derivate therapiebeschleunigend wirken können, z. B. bei Krebserkrankungen, Diabetes und anderen Erkrankungen sowie in der antimikrobielleen bzw. antifungiellen Forschung.

Die Datenbank kann beim High-Throughput Screening (HTS) und bei Dereplikationsabläufen für die rasche Identifizierung von Verbindungen angewendet werden, um Verbindungen, die bereits untersucht wurden, rasch erkennen zu können und die Auswahl möglicher neuer Verbindungen, die antimikrobielle oder andere erwünschte Eigenschaften aufweisen, einzuschränken.

Diese Bibliothek von Naturprodukten lässt sich quer über verschiedene Branchen hinweg einsetzen, z. B. in der Lebensmittel- & und Kosmetikindustrie, in der Landwirtschaft, für die Entwicklung von Pestiziden sowie in anderen Anwendungen, wo vorwiegend Naturprodukte zum Einsatz kommen, aber auch im universitären Setting und in Forschungsprogrammen.

Und weil die Bibliothek von Wiley stammt, können Sie sich auf die Qualität der wissenschaftlichen Daten verlassen!

Hauptmerkmale:

  • Datenreiche Eigenschaftsfelder – Zusätzlich zur chemischen Struktur stehen für jeden Datensatz wertvolle Metadaten bereit, sofern verfügbar:
    • Eigenschaften der Verbindungen (Molekularformel, Masse, Zusammensetzung, Verbindungsklasse, Geolokalisierung)
    • Physikochemische Daten (Schmelzpunkt, optische Drehung)
    • Spektroskopische Daten (IR, HRMS, Massenspektren, UV, außerdem hochqualitative vorhergesagte 13C-NMR-Daten, die mit dem proprietären NMR-Spektrum-Vorhersagealgorithmus von Wiley generiert wurden)
    • Verwandte Referenzen (direkter Link zur DOI-Literatur, Human Metabolome Database)

  • Sorgfältig kuratierte und verifizierte Daten: Die Daten wurden Primär- und Sekundärliteratur entnommen und dann mit als Datenfeld bereitgestellten Hauptreferenzen und Primärquellen sorgfältig überprüft und validiert.

  • Jetzt mit der Wiley's ChemWindow-Software mit erweiterten Datensuch- und Mining-Funktionen.
    • Durchsuchen Sie die gesamte AntiBase-Datenbank mit den erweiterten Datensuch- und Mining-Funktionen von ChemWindow.
    • Umfasst auch die renommierten Tools von ChemWindow für Strukturzeichnung, Berichterstattung und Erstellung Ihrer eigenen Datenbanken.

Neue Eigenschaften der Version für 2023

  • Aufnahme von mehr als 5.000 neuen Verbindungen zur Erweiterung der Abdeckung von Naturstoffen
  • Jetzt mit hyperverlinkten Human Metabolome Database (HMDB)-IDs
  • SMILES-Strings sind enthalten
  • Synonyme erscheinen nun in separaten Feldern

Zuverlässige Daten aus einer vertrauenswürdigen Quelle

Wiley ist eine zuverlässige Quelle für wissenschaftliche Daten. Unsere wohlbekannten Datenbanken werden gemäß strikter Protokolle verarbeitet, um eine möglichst hohe Qualität sicherzustellen. Die Qualifikationsverfahren beginnen bei der Datenerfassung und werden während des gesamten Datenbankentwicklungsprozesses fortgeführt. Von zuverlässigen Partnern stammende Daten werden gründlich überprüft, bevor sie in unsere Sammlungen aufgenommen werden.

Spezifikationen der Bibliothek

  • Naturproduktverbindungen: 58.849 
  • Chemische Strukturen: 56.000
  • Verbindungsklassifizierungsdaten: 21.911  
  • Quell-/Ursprüngliche Daten: 55.786/9.904  
  • Biological Activity Data: 32,147
  • Literature References: 58,179
  • OR-Werte (optische Rotation): 15.658  
  • Schmelzpunktdaten: 6.965 
  • HMDB References: 1.724 
  • MS-Daten: 8.310
  • IR-Daten: 10.906 
  • H-NMR-Daten: 2.211
  • C-NMR-Daten: 41.812
  • UV-Daten: 16.613 

Kompatibilität

Um mehr über die Kompatibilität von Instrumenten / Software zu erfahren, besuchen Sie sciencesolutions.wiley.com/compatibility 

Verbindungsabdeckung

Enthält Verbindungen der folgenden biologischen Quellen:

  • Algen
  • Tiere
  • Bakterien
  • Cyanobakterien
  • Dinoflagellat
  • Pilze
  • Flechten
  • Myxobakterien
  • Pflanzen
  • Protozoen
  • Schleimpilz
  • Hefe

Use Cases aus der Literatur

Auf Google Scholar wurde mehr als 1.500 Mal auf die Wiley-Identifikator von Naturprodukten AntiBase-Bibliothek verwiesen. Nachstehend sehen Sie einige Beispiel dafür, wie Wissenschaftler diese Datenbank in den verschiedensten Anwendungen nutzen.

ArtikeltitelDOI-LinkZusammenfassungAnwendungsbereich
Entdeckung von Actinomycin L, einem neuen Mitglied der Actinomycin-Familie von Antibiotikahttps://doi.org/10.1038/s41598-022-06736-0Streptomyceten produzieren bioaktive natürliche Produkte, darunter den Löwenanteil aller natürlich hergestellten Antibiotika. Zwei neue, von Streptomycen sp. MBT27 produzierte Actinomycin-Analoga wurden entdeckt, Actinomycin L1 und L2. Die Dereplikation wurde mittels Reaxys, ChemSpider und AntiBase durchgeführt. Die Masseneigenschaften bestehender Naturprodukte wurden annotiert, während eine Masseneigenschaft mit einem m/z-Wert von 1387,6706 [M + H]+ mit keinem in der Vergangenheit berichteten natürlichen Produkt übereinstimmte.Antibiotika
Neue Metaboliten des endophytischen Pilzes Cercophora samala, assoziiert mit Mitragyna inermishttps://doi.org/10.1177/1934578×211013220Mitragyna inermis ist eine kleine Baumart, die in Westafrika heimisch ist und in der traditionellen Medizin für die Behandlung einer Reihe von Erkrankungen zum Einsatz kommt. Zwei neue Metaboliten dieser Baumart wurden isoliert und ihre Strukturen durch einen Vergleich der spektroskopischen Daten mit den Daten in AntiBase sowie mitels DFT-BerechnungenMetabolomik
Kombination von Hochdurchsatz-Mikrofluidik und FACS-Technologien zur Nutzung des Zahlenspiels bei der Entdeckung von Naturproduktenhttps://doi.org/10.1111/1751-7915.13872Um die Entdeckung von Naturprodukten zu erleichtern, wurde eine Screening-Methode entwickelt, die auf einer Kombination von Tröpfchen-Mikrofluidik und Fluoreszenz-aktivierter Technologien auf Zellsortierungsbasis beruht. Diese Methode wurde eingesetzt, um eine mikrobielle Umweltprobe zu analysieren. Um die Naturprodukte zu identifizieren, wurden Molekülformeln mittels AntiBase durchsucht.Antimikrobielle Stoffe
Screening auf biologisch aktive Metaboliten mit aus Gliederfüßern isolierten endosymbiotischen Bacillihttps://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2002.tb11475.xEndosymbiotische Bakterien aus der Gatting Bacillus wurden aus verschiedenen Abschnitten des Darms einer Reihe von Insekten und Tausendfüßern isoliert. Die Proben wurden auf biologisch aktive Metaboliten untersucht und diese in der Folge isoliert. Die Strukturaufklärung erfolgte mittels einer Kombination aus NMR und HREI oder DCI-Massenspektrometrie. Die Strukturbestimmung erfolge mithilfe von AntiBase, NMR: Aldrich Library sowie von Spektrensammlungen (MS: NIST, WILEY).Metabolomik
Umfassende Analyse des Alternaria Mycoboloms unter Einsatz von Metabolomik auf Basis der Massenspektrometriehttps://doi.org/10.1002/mnfr.201900558Fourier-Transform Ionenzyklotronresonanz Massenspektrometrie (FTICR-MS) und LC-MS/MS werden für die nicht zielgerichtete und zielgerichtete Analyse des Metaboloms von drei A. alternata-Isolaten und einem A. solani-Isolat verwendet. Aufgrund der ultrahohen Auflösung der FTICR-MS werden den gemessenen m/z-Signalen eindeutige Formeln zugeordnet. Die Molekülformeln werden dann mit Einträgen der Datenbanken AntiBase und Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes verglichen. Die nicht zielgerichtete Analyse der Pilzextrakte legt Variationen im sekundären Metabolitenprofil von A. alternata und A. solani offen. Unterschiede bei der Biosynthese von Dibenzo-α-Pyronen, Perylenquinonen, Tentoxin und Tenuazonsäure werden durch Anwendung zielgerichteter LC-MS/MS bestimmt.Metabolomik
Signal- und bioaktive Metaboliten aus Streptomyceten sp. RK44https://doi.org/10.3390%2Fmolecules25030460Das chemische Profilin des RK44-Extrakts unter Verwendung hochauflösender Elektrospray-Ionisations-Massenspektrometrie (HR-ESIMS) und Global Natural Product Social (GNPS) molekularer Netzwerke (MN) [7] zeigte einen Cluster von Metaboliten mit geringem Molekulargewicht und einer tpyischen UV-Absorption von 250 nm UV, was vermuten lässt, dass diese ein gemeinsames Chromosphorskelett haben. Die Datenbank-Dereplikation unter Einsatz von AntiBase 2017 (WILEY) und anderen Online-Datenbanken (The Natural Products Atlas, ChemSpider) [8,9] ergab, dass diese Metaboliten in der Literatur bislang noch nicht beschrieben wurden [10,11].Metabolomik
Ein selektives Antibiotikum für Lyme-Borreliosehttps://doi.org/10.1016/j.cell.2021.09.011Ein S. hygroscopicus-Extrakt wurde mittels Hochleistungs-Flüssigkeits-Chromatographie (HPLC) in 40 Fraktionen unterteilt. Die Fraktionen wurden auf eine Wachstumsinhibition von B. burgdorferi untersucht, was zur Isolierung einer reinen Verbindung mit einer Molekülmasse von 511 Da führte (Abbildung 1A). Die Struktur wurde mit einer Kombination aus Massenspektrometrie (MS) und NMR-Analyse festgestellt (Abbildungen S1 und S2; Tabellen S1 und S2). Überraschenderweise ergab die Suche der AntiBase-Datenbank, dass es sich bei der Verbindung um Hygromycin A handelt, ein bekanntes Antibiotikum (Abbildung 1A).Antibiotika
Rohextrakte von Talaromyces-Stämmen (Ascomycota) und ihre Wirkung auf die Resistenz gegen das chronische Bienenparalyse-Virus der Honigbiene (Apis mellifera)https://doi.org/10.3390/v15020343Viren sind ein wichtiger Faktor im globalen Rückgang der Honigbienenpopulationen. Das Hinzufügen natürlicher antiviraler Verbindungen aus Pilzen zur Nahrung von Honigbienen könnten die Auswirkungen solcher Viren eindämmen. Sieben Stämme des Pilz-Genus Talaromyces, die mit dem chronischen Bienenparalyse-Virus (CBPV) infiziert waren, wurden näher untersucht. AntiBase 2017 sowie eine interne Referenzdatenbank wurden eingesetzt, um die Molekülstruktur einzugrenzen und interessante Verbindungen zu markieren. Es wurde festgestellt, dass drei Extrakte (aus den Stämmen B13, B18 und B30) CBPV-Infektionen mildern und so die Überlebensrate von Bienen erhöhen.Metabolomik
Sargassum horneri (Turner) C. Agardh-Extrakt reguliert die Neuroinflammation in Vitro und in Vivohttps://doi.org/10.3390/cimb44110367Studien zufolge kann S. horneri Osteoporose vorbeugen und bei der Kontrolle von Cholesterin, Blutdruck und Hyperlipidämie helfen. Kosmetika und funktionelle Lebensmittel, die S. horneri enthalten, sind für ihre Anti-Aging- sowie antiallergische und aufhellende Wirkung bekannt. Die anti-neuroinflammatorische Wirkung von S. horneri-Extrakt auf Mikroglia wurden nunmehr untersucht. Der aktive Wirkstoff in S. horneri wurde mittels AntiBase, bereits berichteter Daten sowie LC-MS/MS-Analyse bestätigt. Es wurde festgestellt, dass S. horneri eine anti-neuroinflammatorische Wirkung hat, indem die Phosphorylierung von p38 MAPK und NF-κB sowie die Aktivierung von Astrozyten und Mikroglien in einer LPS-Challenge unterzogenen Mäusehirnen gehemmt wurde.Anti-inflammatorische
Pilzgattungen und Multi-Mycotoxine, die mit Nachernte-Sorghumhirse (Sorghum bicolor (L.) Moench) in Ostäthiopien assoziert werdenhttps://doi.org/10.3390/toxins14070473Sorghumhirse ist in Entwicklungsländern die wichtigste Nutzpflanze. Allerdings sind sowohl Quantität als auch Qualität anfällig auf verunreinigende Pilze, sowohl auf dem Feld als auch nach der Ernte. Proben von Pilzgattungen und Multi-Mycotoxinen, die mit Sorghumhirse nach der Ernte assoziiert werden, wurden untersucht. Die Zuordnung der Toxine zu verschiedenen Gattungen erfolgte mittels AntiBase, in der Vergangenheit berichteten Daten sowie Untersuchungen des Metabolitenprofils toxigener Pilze in Reinkultur. Die Studie ergab, dass die Hirsekörner maßgeblich mit gleichzeitig auftretenden Mycotoxinen verunreinigt waren. Dies unterstreicht, wie wichtig es ist, Landwirte in der richtigen Handhabung der Hirseproduktion zu unterweisen.Mycotoxine

Anwendungen

Die Anwendungen umfassen unter anderem:

  • Pharma / Biotech
  • Entwicklung von Wirkstoffen
  • Metabolomik
  • Lebensmittel & Kosmetika
  • Landwirtschaft
  • Pestizide
  • Universitäre Forschung & Bildungswesen
  • Antimikrobielle, antikarzinogene, antifungale F&E